カセット染色体の３つの大きな種類と、この３タイプの分類とは別個の、黄色ブドウ球菌のリボゾームＲＮＡのリボタイピングによる分類１～５３種類をさらに大きくＡ・Ｂ・Ｃ３つのタイプに括って分類とを組合せた分類法がなされていますカセット染色体Ⅰ・Ⅱ・ⅢとＡ・Ｂ・Ｃのリボタイプとの組合せで、世界には５つのクローンのＭＲＡが存在していることが明らかになっています。日本のＭＲＳＡは、上記の分類法よりクロノタイプⅡ－Ａが１９９０年代の全国調査でＭＲＳＡ分離株の７０％以上を占めていました。このタイプは米国内でも分離されるということで、また、バンコマイシン耐性ＭＲＳＡはⅡ－Ａのクローンから容易に生じやすいことが知られています。平松らによれば現在もＭＲＳＡは進化し続けています。




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